La legge del 19 Brumaio anno VI (18 luglio 1797) ha stabilito che Bologna sia sede dell'Istituto Nazionale della Repubblica Cisalpina, innestato sul ceppo dell'antico Istituto delle Scienze, fondato nel 1711 da Luigi Ferdinando Marsili (1658-1730).

I Senatori Assunti perpetui dell'Istituto furono eletti per la prima volta il 2 gennaio 1712. Nel palazzo Poggi in via San Donato (poi via Zamboni) furono collocati musei (Aldrovandi, Cospi, Marsili) e biblioteche (Manfedi, Bosi, Lambertini e altre).

L'Istituto diventò nel '700 un rinomato "santuario di arti e scienze", raccogliendo i migliori ingegni in circolazione.

Nel palazzo operarono l'Accademia Clementina, dedicata all'istruzione artistica e l'Accademia Banedettina, protetta da papa Lambertini e dedita alla ricerca e alla divulgazione scientifica.

Nel 1713 cominciò la costruzione della Specola, terminata nel 1725, mentre nel 1718 il Marsili fece erigere una cappella interna dedicata all'Annunziata. Il 2 novembre 1756 venne aperta la grande biblioteca, da allora sempre più arricchita ed ampliata.

Dopo il 1796 le accademie furono soppresse e la cappella abbattuta. Le attività riguardanti le arti verranno trasferite più avanti in Sant'Ignazio.

Il 5 luglio 1800 il generale Miollis ha riconosciuto il diritto di Bologna ad essere "sede primaria del sapere". Il 15 ottobre successivo Napoleone è stato proclamato membro dell'Istituto delle Scienze.

Con il Decreto del 17 agosto 1802 è messo in attività l'Istituto Nazionale Italiano di Bologna. L'apertura ufficiale avverrà l'8 gennaio 1803 sotto la presidenza del matematico Moscati, venuto da Milano - secondo alcuni maligni - per togliere “l'unico lustro” rimasto alla città emiliana.

Intanto l'Università lascerà la sua sede secolare all'Archiginnasio e si trasferirà in Palazzo Poggi. L'apertura ufficiale avverrà il 25 novembre 1803.

Tra il 1803 e il 1804 alcune leggi e decreti preciseranno gli scopi e il funzionamento dell'Istituto Nazionale.

Esso conterà sessanta membri, dovrà promuovere e incoraggiare scoperte scientifiche, accogliere i dotti e i migliori funzionari del paese. Sarà inoltre organo direttivo delle varie scuole che sorgono in questo periodo dalla trasformazione di antiche istituzioni.

Dal 1803 l'Istituto condividerà la sede dell'Università e metterà in comune con essa i musei, i laboratori, la grande biblioteca.

Sarà in funzione fino al 25 dicembre 1810, quando verrà trasformato in Regio Istituto Italiano di Scienze, Lettere ed Arti con sede a Milano. A Bologna rimarrà solo una sezione di esso.

Solo pochi dei vecchi Pensionati Benedettini saranno prescelti e operaranno nel nuovo Istituto. La maggior parte di essi continuerà a riunirsi privatamente e quindi l'Accademia Benedettina non cesserà di esistere "benché inanimata, negletta e priva di mezzi".