Il 3 settembre numerosi partigiani nascosti nelle grotte del Farneto e appartenenti al gruppo dirigente di Giustizia e Libertà vengono arrestati grazie a due spie dell'UPI infiltrate.

Il 19 settembre, dopo essere stati ripetutamente interrogati e torturati nella caserma di via Borgolocchi, sono giudicati sommariamente dal Tribunale Militare Straordinario di Guerra, presieduto dal gen. Gherardo Magaldi.

Otto di essi - Luigi Zoboli, commissario politico della brigata GL, Massenzio Masia (Max, 1902-1944), comandante delle formazioni GL dell'Emilia-Romagna, Sante Caselli, Armando Quadri, rappresentante del Partito d'Azione nel CLN regionale, Mario Giurini, Arturo Gatto, Sario Bassanelli, Pietro Zanelli - vengono fucilati il 23 settembre al Tiro a Segno nazionale di via Agucchi dalla squadra speciale di polizia di Renato Tartarotti.

Altri, come Gino Onofri e Orlando Canova, saranno deportati e moriranno nei lager nazisti. Il "Resto del Carlino" rivelerà che gli arrestati, quasi tutti professionisti, intellettuali o benestanti, "tenevano contatti con socialisti e comunisti".

Il capo della Provincia Dino Fantozzi si è adoperato invano per evitare la fucilazione, tentando un approccio diretto con Mussolini.

Anche una lettera dell'Arcivescovo Giovan Battista Nasalli Rocca al Feldmaresciallo Kesserling non ha avuto alcun effetto:

“Vi assicuro che un atto di clemente giustizia sarà veramente apprezzato da questa città che, ve lo dico con tutta la forza dell'animo, è stanca di vedere scorrere così il sangue”.

Il 24 settembre, per non pubblicare la sentenza di morte contro i dirigenti del P.d'A., il quotidiano cattolico "L'Avvenire" sospenderà le pubblicazioni. La scusa ufficiale è il mancato rifornimento della carta. Il giornale tornerà in edicola solo dopo la fine della guerra, il 4 settembre 1945.

Sul "Resto del Carlino" appare invece un articolo in cui si afferma che "a maggior ragione debbono pagare coloro che con la loro intelligenza, con una coltura male impiegata" spingono alla lotta antifascista.

Tra i fascisti protagonisti del massacro, alcuni saranno raggiunti dalla vendetta partigiana alla vigilia della Liberazione, altri saranno condannati nel dopoguerra in contumacia e poi amnistiati.

Al presidente del Tribunale Magaldi, comandante regionale, benchè condannato per collaborazionismo militare, sarà concessa l'amnistia in base al DPR 460/1959. Tartarotti sarà l'unico criminale fascista condannato a morte e giustiziato ufficialmente a Bologna nel dopoguerra.