Apre a Marzabotto il nuovo museo etrusco, costruito su progetto dell'architetto Franco Bergonzoni e ordinato da G.A. Mansuelli e altri collaboratori.

La raccolta archeologica era andata formandosi come collezione privata della famiglia Aria, che nel 1861 acquistò la villa dei conti Barbazzi e l'area su cui sorgeva la città antica.

Il primo vero ritrovamento avvenne nel 1839 quando furono individuate trenta statuette di bronzo vicino all'acropoli e subito dopo alcune tombe del sepolcreto nord. Nel 1856 vennero invece scoperti gli edifici sacri dell'acropoli.

Scavi regolari furono effettuati a più riprese tra il 1862 e il 1869, finanziati da Giuseppe Aria e sotto la direzione del conte Giuseppe Gozzadini, che diede conto dei risultati nel 1865 e nel 1870 con belle pubblicazioni illustrate.

Il 5 ottobre 1871 la necropoli di Misa ricevette la visita del Principe Umberto e della moglie Margherita di Savoia.

Un primo museo fu aperto al pubblico nel 1886 da Edoardo Brizio, che curò per l'occasione una guida.

Nel 1911 furono rubate preziose oreficerie etrusche. Nel 1933 la zona archeologica fu ceduta dai proprietari allo Stato.

Lo stabile destinato a museo, costruito ai margini della zona archeologica, fu colpito da una bomba nel 1944 e l'incendio che ne seguì distrusse o danneggiò tutti i materiali ivi custoditi.

Nel 1950 fu inaugurato un nuovo museo con alcuni reperti messi a deposito all'inizio della guerra. Gli scavi di Misa erano intanto ripresi nel 1948, sotto la direzione di P.E. Arias.

I numerosi ritrovamenti degli anni successivi indussero a riorganizzare e ampliare a più riprese lo spazio espositivo.