Il Cumer affianca alla rete militare e politica, che guida la Resistenza nel territorio bolognese, una vera e propria organizzazione sanitaria clandestina, che si appoggia a strutture pubbliche e private, con la collaborazione di medici e infermieri antifascisti.

Guidata dal dott. Giuseppe Beltrame (Pino), l'organizzazione provvede all'assistenza e alla cura dei combattenti feriti, spesso facendoli ricoverare in incognito negli ospedali o nelle case di cura della città. Si occupa inoltre della ricerca di basi sicure per i servizi sanitari e del rifornimento di materiale di medicazione e chirurgico.

Cassette di pronto soccorso vengono preparate in un piccolo laboratorio segreto. Le attrezzature e il materiale di medicazione provengono dagli ospedali e dalle ditte SAMO e FARMAC, che li forniscono gratuitamente. I contatti con le direzioni delle ditte farmaceutiche sono tenuti da Mario Bastia (che cadrà nella battaglia dell'Università, Medaglia d'oro al V.M.).

Dopo le battaglie dell'autunno 1944, un piccolo ospedale clandestino è allestito a villa Moneti, in via Duca d'Aosta. Il personale sanitario della Resistenza deve seguire regole ferree: gli spostamenti avvengono solo di notte e gli interventi di pronto soccorso sono spesso affidati alle staffette.

Tra le strutture che collaborano alla rete sanitaria clandestina vi sono: il collegio San Luigi, con i frati Paolo Moris e Massimo Stucchi, l'ospedale "Putti" della Croce Rossa, installato nel seminario regionale di Villa Revedin e guidato dal prof. Oscar Scaglietti, e l'Istituto di Anatomia patologica del Sant'Orsola, dove il prof. Armando Businco ha organizzato un nucleo antifascista.

Anche il dott. Gennaro Ciaburri, direttore dell'Ospedale Militare "Marconi", situato nelle scuole di via Laura Bassi, milita nelle fila della Resistenza e fa ricoverare nella sua struttura numerosi partigiani feriti. Così fa anche il dott. Galassi, direttore della Casa di Cura "Sabaudia".

Il trasferimento dei partigiani feriti in città avviene soprattutto tramite due personaggi che, collegati ai comandi tedeschi, possono ottenere automezzi con targhe militari e speciali lasciapassare: sono l'avv. Maccaferri, amministratore della fabbrica di munizioni Baschieri e Pellagri (poi ucciso dai fascisti) e l'ex corridore motociclista Guglielmo Sandri, responsabile del parco macchine della Kommandatur germanica.

I feriti sono accolti nell'infermeria chirurgica, dove ricevono una prima assistenza e una accurata preparazione psicologica (devono risultare feriti sotto bombardamenti o provenienti da zone liberate), prima di essere accompagnati nei vari ospedali. Un problema particolare è l'assistenza medica nelle brigate isolate, che devono affidarsi alle staffette per i rifornimenti di medicinali e necessitano di un medico direttamente aggregato alla formazione combattente.

Una prima istruzione di pronto soccorso per le staffette delle brigate è offerta da Liliana Alvisi, giovane medico antifascista appartenente al Comitato dei Gruppi di Difesa della Donna (GDD).

In previsione dei combattimenti per la liberazione di Bologna, la partigiana cattolica Rosalia Roveda organizzerà l'assistenza ai partigiani feriti in varie canoniche della città, con l'aiuto di una ventina di crocerossine.