Il restauro dell'antico santuario delle Sette chiese (Santo Stefano) era stato invocato da Giovanni Gozzadini subito dopo l'Unità.

Nel 1876 i lavori iniziano sotto la direzione dell'ing. Raffaele Faccioli, ispettore del Governo, sulla base del principio di demolire più che si può “le moderne sovrapposizioni e aggiunte”, di eliminare tutto ciò che crea “discordanza di stile rispetto alla vagheggiata forma originaria degli edifici” (Fanti).

Comincia così un “doloroso iter degradativo” (A. Emiliani) delle chiese di Santo Stefano, che già avevano perso all'inizio dell'Ottocento le decorazioni nella cupola della chiesa del Calvario, opera di Marco di Berlinghiero, considerate dal Lanzi le migliori pitture di Bologna.

In questa fase i lavori di "ripristinamento" riguardano soprattutto l'antica Basilica (Chiesa di San Pietro) e il battistero (Chiesa del S. Sepolcro), con ricostruzioni romaniche arbitrarie, affidate alla "valentia" dell'architetto (Gozzadini), il quale demolisce anche la cappella di Santa Giuliana del XVIII secolo, "tutt'altro che disprezzabile" (Zucchini).

Durissimo è il commento alle manomissioni da parte di Cesare Masini, segretario dell'Accademia di Belle Arti, che fa stampare manifesti pagati in proprio con questo testo: "Mentre infin col piccone e col martello si demolisce e si rifan cose che il tacere è bello".

Poi il cantiere si ferma per diversi anni e anche Carducci si adopera, con un Manifesto ai Bolognesi, per nuovi finanziamenti. Nel 1881 intanto, su progetto di Faccioli, si eseguono lavori di sistemazione della piazza antistante.

La seconda fase dei restauri inizierà nel 1919 e privilegerà la chiesa della Trinità. I cantieri saranno diretti da mons. Giulio Belvederi e da Edoardo Collamarini, allievo di Rubbiani, e porteranno alla definitiva configurazione del complesso stefaniano.

Il risultato delle molteplici e ripetute operazioni di restauro è riassunto nelle parole di Zucchini: "Lo studioso non riesce a raccapezzarsi e a distinguere quanto vi sia di vero e quanto di falso".