La Giunta Provvisoria di Governo, chiamata a colmare il vuoto di potere succeduto alla partenza degli Austriaci e del Legato e ad assicurare il mantenimento dell'ordine pubblico, è composta da Gioacchino Napoleone Pepoli (1825-1881), Luigi Tanari (1820-1904), Camillo Casarini (1830-1874) e Antonio Montanari (1811-1898).

Il primo atto ufficiale è l'adesione alla guerra nazionale di liberazione contro l'Austria, invocando l'annessione di Bologna e delle Romagne al regno di Sardegna.

Il 13 giugno, al fine di “provvedere allo spedito e regolare andamento degli affari”, procede ad alcune nomine: il conte Annibale Ranuzzi ottiene l'incarico di Intendente della Provincia, con le stesse attribuzioni della precedente Legazione.

Consiglieri di Intendenza sono nominati il conte Antonio Scarselli, Luigi Maccaferri, Lodovico Berti e Domenico Nanni Levera, mentre Matteo Pedrini è scelto come Segretario.

Con un proclama dello stesso 13 giugno è decretato lo scioglimento del corpo dei gendarmi pontifici e l'apertura dell'arruolamento nella nuova milizia dei Veliti, soldati “armati alla leggera” e perciò dotati di grande mobilità. Il modello è quello dei Reali Carabinieri piemontesi, dei quali è anche adottata la divisa.

E' inoltre nominata una Commissione di arruolamento per la guerra di Indipendenza, formata dai Principi Rinaldo Simonetti e Astorre Hercolani, da Francesco Buratti, Icilio Pancerasi e Alessandro Berti.

Si dispone la formazione di quattro battaglioni mobili, agli ordini del generale Roselli e del colonnello Masi, che saranno dislocati, come il II Corpo del gen. Mezzacapo, vicino alla Cattolica.

La libertà di stampa è in questo momento ritenuta "incompatibile" e quindi è proibita la pubblicazione di giornali e scritti politici. Infine è istituita una Commissione consultiva di Finanza, mentre sono confermati gli incarichi dei magistrati e degli impiegati d'ufficio.

La Giunta Provvisoria di Bologna sarà riconosciuta come Centrale di Governo dalle altre costituite nelle città dello stato pontificio a nord degli Appennini.

Reggerà il capoluogo e le legazioni fino al 14 luglio, quando nel capoluogo giungerà il Regio Commissario Massimo D'Azeglio, inviato da Cavour.