Il 17 maggio Napoleone emana da Vienna un decreto, che abolisce il potere temporale dei papi e unisce lo stato pontificio all'Impero. Al Pontefice è assegnata una rendita e una speciale immunità di residenza, mentre per i cardinali e il collegio di propaganda è previsto il mantenimento da parte dello stato.

Una Consulta straordinaria, presieduta dal generale Miollis, riceve l'incarico di gestire il passaggio dei poteri. Il 10 giugno il decreto imperiale è notificato in Roma e dappertutto il tricolore francese sostituisce il vessillo pontificio. Il Papa respinge il decreto e lancia la scomunica contro chi ha attentato alla Santa Sede, pur senza nominare Bonaparte.

Il 6 luglio, mentre i Francesi combattono gli Imperiali a Wagram, soldati e gendarmi agli ordini del generale Radet penetrano a Roma nel Palazzo del Quirinale e arrestano Pio VII. Il Papa sarà portato a Savona e poi in Francia, prigioniero di fatto di Napoleone.