Sono formati cinque battaglioni di Guardia Civica, con otto compagnie ciascuno. La Giunta militare stabilisce che sia loro assegnata una caserma in ognuno dei quattro quartieri cittadini.

Vengono scelti i conventi di S. Giacomo, S. Domenico, S. Biagio e S. Francesco. In quest'ultimo è collocato il quartier generale per il comando e l'addestramento della Guardia. 

Viene adattato a caserma il convento degli Agostiniani di San Giacomo, tranne la sala della libreria e parte del dormitorio, che vengono assegnati all'Accademia Filarmonica per ospitare la collezione musicale di Padre Giovanni Battista Martini.

Il grande complesso di San Domenico viene smembrato: la chiesa, la sala dell'Inquisizione e l'orto sono assegnati al nuovo parroco. Il chiostro grande diventa caserma, mentre nell'antica biblioteca e nel chiostro dei morti è installata la biblioteca pubblica comunale, nella quale convergono i libri delle congregazioni religiose soppresse. Una parte dei fabbricati del convento sono venduti per abitazioni civili.

Nel 1801, dopo che la Guardia sarà trasferita ai Servi in strada Maggiore, il convento agostiniano di San Biagio, situato ai "Garganelli" - nell'area all'angolo tra via Santo Stefano e via Cartoleria Nuova (poi via Guerrazzi) - sarà venduto con la chiesa al conte Benedetti.

I Serviti recupereranno il loro convento con la Restaurazione, ma dovranno cederne di nuovo la maggior parte allo Stato italiano dopo l'Unità per farne caserma dei bersaglieri e poi comando dei carabinieri.

San Francesco sarà caserma e quartier generale della Guardia Nazionale fino al 1800. Il convento verrà diviso in tre parti, così che la guardia, la truppa e i religiosi rimasti potranno coabitare "senza reciproco incomodo".

Nel 1800 una buona parte del convento e la chiesa saranno destinati alla Finanza e il 19 giugno 1801 vi si insedierà la nuova Dogana.

La magnifica chiesa gotica diventerà un deposito di merci, la sacrestia l'esattoria dei dazi, il chiostro dei morti ospiterà gli uffici della Dogana, la biblioteca l'Ufficio Cassa e contabilità.

La tipografia e gli appartamenti degli addetti alla Finanza saranno ricavati in una parte del chiostro maggiore, mentre il grande dormitorio sarà occupato dalla Direzione di Finanza.

Tra il 1798 e il 1802 alcune porzioni del convento di San Francesco tra via S. Isaia e il prato antistante la chiesa saranno vendute a privati.