La chiesa di San Francesco è riaperta al culto. E' stata gravemente danneggiata il 24 luglio e il 25 settembre 1943, nel corso di pesanti bombardamenti aerei.

Da una relazione della Commissione di controllo per i monumenti alleata del marzo 1944 risultava che la navata centrale era semidistrutta.

Quasi tutta la volta era crollata, erano state abbattute le prime quattro cappelle del lato nord e le prime due del lato sud. Erano crollate la volta del battistero, il timpano, le due finestre superiori della facciata. Anche il rosone centrale era danneggiato.

I restauri sono cominciati subito dopo le distruzioni a cura del Soprintendente Alfredo Barbacci, coadiuvato dal Genio Civile. Barbacci si è preoccupato di ricostruire le parti distrutte, escludendo la maggior parte delle “invenzioni” ottocentesche di Alfonso Rubbiani.

I lavori hanno subito una interruzione nel corso del 1946, per riprendere poco dopo con fondi del Ministero dei Lavori Pubblici.

La chiesa è riaperta nel 1948, dopo ulteriori lavori riguardanti il Refettorio Vecchio, il chiostro dei Morti e la cappella Muzzarelli, adibita a sacrestia.