Dopo le prime incursioni aeree su Bologna il convento di San Domenico apre le porte a malati e feriti: assieme alla caserma Cialdini e alle scuole Pier Crescenzi diventa Ospedale di guerra n. 1.

Oltre agli infermi, vi sono ricoverati religiosi e religiose di clausura, oltre che le orfanelle di San Luca. E' organizzata l’accoglienza di militari sbandati, rastrellati e civili passati alla Resistenza.

La comunità domenicana svolge durante tutto il conflitto una notevole attività per la pacificazione e l’incolumità dei cittadini di ogni fede politica. Il convento è aperto a tutti e l’opera di soccorso è al di sopra delle parti.

A distinguersi in una “generosa opera di assistenza e di aiuto ai profughi e ai perseguitati, tanto ebrei come partigiani o fascisti” (D. Zanini) è Padre Innocenzo Maria Casati, tornato in città, assieme ad altri confratelli, dopo un periodo di sfollamento a Lizzano in Belvedere.

Più di 300 famiglie nascondono qui i loro beni preziosi, i mobili, le suppellettili. Ma anche enti pubblici chiedono di riparare tra le sacre mura materiale strategico.

Il chiostro di San Domenico è invaso, ad esempio, da materiale delle ferrovie dello stato - tra cui più di 250 chilometri di filo di rame - da trasformatori elettrici, da macchine dello zuccherificio e della centrale del latte.

Nell’orto del convento pascolano circa 350 capi di bestiame di grossa taglia, soprattutto cavalli e mucche. Assieme alle opere d’arte della chiesa, tra le quali l’arca e le reliquie di San Domenico, è nascosta la collezione aurea Venturini di Massalombarda, che comprende preziosi di valore inestimabile.

Dal 1942 si riuniscono qui esponenti del laicato cattolico antifascista, quali il conte Filippo Cavazza (1886-1953), liberale, ex presidente dell'Agraria bolognese, Angelo Salizzoni, Raimondo Manzini, Angelo Senin, il prof. Tito Carnacini, l’on. Milani.

Vi si tengono riunioni del CUMER, il comando militare partigiano dell'Emilia-Romagna, cui partecipano il comandante Dario (Ilio Barontini) e il commissario politico Gianguido Borghese.

Nei giorni a ridosso della Liberazione i padri domenicani mediano tra la Resistenza e gli esponenti moderati del fascismo e si adoperano per la pacificazione e per la salvezza di personalità compromesse, compreso lo stesso podestà Agnoli.