Profondi restauri - compresi in un periodo che va dal 1911 al 1925 - interessano il complesso delle Sette chiese di Santo Stefano. Fanno seguito a quelli, altrettanto radicali, dell’Ottocento condotti soprattutto dall’ing. Raffaele Faccioli (1836-1914).

Gli interventi appaiono ispirati “da un malinteso senso archeologico”, che ha come obiettivo quello di “disseppellire, con scavi e demolizioni, le mitiche tracce paleocristiane” (Fanti) del complesso.

I lavori nelle chiese della S.S. Trinità e in quella del Crocifisso sono promossi da mons. Giulio Belvederi e condotti dall’ing. Edoardo Collamarini (1863-1928), allievo e seguace di Rubbiani.

Il progetto è definito dal Soprintendente alle Belle Arti Corsini “geniale” dal punto di vista ricostruttivo, ma “dannoso” dal punto di vista dell’archeologia e della storia, per la soppressione di molte vestigia, databili tra il XIV e il XVIII secolo.

La commissione ministeriale, incaricata di autorizzare la prosecuzione dei lavori, sarà comunque messa di fronte al fatto compiuto delle ricostruzioni.

I restauri del complesso si concluderanno nel 1925, con l’apposizione nel chiostro romanico di 64 lapidi ai caduti della grande guerra, realizzate con il contributo della Casa Reale e di vari enti pubblici e privati.