Il Municipio delibera di ripristinare parzialmente palazzo Re Enzo, antica rimessa “del Carroccio e delle macchine balistiche del Comune glorioso” (Rubbiani), divenuto, con i pesanti interventi del Sei-Settecento, un “onesto nido di osti e liquoristi”.

Nel 1908 Rubbiani presenta, assieme al Comitato per Bologna Storica e Artistica, il progetto per la demolizione del vecchio fabbricato del 1572, giudicato "privo di ogni valore storico e privo di un'organica idea architettonica".

Sceglie, tra l'altro, di coronare l'edificio con dei merli gigliati, per i quali si attira gli strali di Giuseppe Ceri, suo abituale oppositore.

Questi critica soprattutto l'inclinazione del muro alla sommità dell'edificio: "i merli in pendenza" sono, per l'implacabile ingegnere, "più atti a riparo di amoreggianti gatti che di combattenti soldati".

Nel 1910 comunque l'enorme facciata di piazza Nettuno verrà abbattuta - assieme saranno distrutti il palazzo degli Uditori di Rota e il voltone della Corda - e due anni dopo sarà ricostruito un cortile interno, separato dalla piazza da un basso muro di mattoni.

Nel 1912 sarà invece restaurata la cappella di S. Maria dei Carcerati, da tempo ridotta a bottega e sarà messo in luce lo stemma del cardinale Anglico, che la fece costruire. Nel 1913, infine, saranno demoliti gli edifici rimasti tra le vie Rizzoli, Accuse e Canepa.

In pieno '900, ormai da tempo terminati i lavori di restauro, nel muro a settentrione, prospiciente via Rizzoli, saranno ritrovate le finestre originali del palazzo: bifore con archetti a sesto acuto, molto diverse dalle trifore con archetti a sesto pieno proposte da Rubbiani nella facciata occidentale sulla base dell' "analogia degli esempi" di altri palazzi coevi.