Francesco Orsoni (1849-1906), giovane autodidatta appassionato di geologia, poi allievo non laureato di Giovanni Capellini all'Istituto Geologico dell'Alma Mater, individua e inizia ad esplorare la grotta del Farneto, situata nella vena del gesso a dieci chilometri da Bologna, sulla destra del torrente Zena.

Tra il 1881 e il 1888, dopo una serie di esperienze di lavoro fallimentari in Italia e all'estero, si dedicherà, investendo tutto il suo patrimonio, ad una indagine rigorosa della grotta, spingendosi fino a duecento metri all'interno - dove troverà alcuni vasi interpretati come urne cinerarie - e abbassando il piano di scavo di sei metri rispetto alle prime ricerche del 1871.

L'avventuroso ricercatore individuerà sei strati archeologici, con resti di insediamenti risalenti a varie epoche, dall'età del rame all'età del bronzo recente.

Tra gli oggetti rinvenuti, piuttosto numerosi, vi sono tazze-attingitoio con ansa sopraelevata o con manico nastriforme, scodelle carenate, decorate con solcature e motivi geometrici, ceramiche forate per la lavorazione dei latticini.

Nel 1888 la grotta del Farnè (o Farneto) riceverà la visita di illustri personaggi, quali Rubbiani, Panzacchi, Zanichelli e Carducci. L'onorevole Baccarini la vedrà, accompagnato da Orsoni, dopo aver presenziato al congresso dei cooperatori e a quello dei ragionieri.

Nel 1890 Orsoni, ormai senza mezzi economici, abbandonerà gli scavi, lasciando la documentazione archeologica al Museo civico bolognese. La sua attività sarà proseguita da Brizio tra il 1899 e il 1900, da Tusa, Bermond e Radmilli Montanari tra il 1948 e il 1951.

Tra le più importanti del sistema carsico bolognese, la grotta del Farneto è lunga più di un chilometro, con un dislivello di circa 50 metri. Nel 1915 sarà dichiarata monumento nazionale e considerata la più importante stazione preistorica della regione Emilia-Romagna.