Dopo l'espulsione dei Frati Minori nel 1866 lo Stato italiano si appropria nel 1870 della chiesa e del convento della SS. Annunziata.

Buona parte dei dipinti vengono portati alla Pinacoteca. Altri beni mobili saranno dispersi. Gli edifici sono adibiti a magazzini e officine della Direzione d’Artiglieria. Alcuni monumenti e il portale della chiesa saranno collocati nel cimitero della Certosa.

I Frati Francescani riavranno parte del convento nel 1944 e la chiesa diverrà sede parrocchiale il 20 maggio 1945.

Consacrata nel 1952 dal cardinal Lercaro, sarà dotata di un nuovo altare e di una Via Crucis in precedenza custodita a palazzo Malvezzi.

Nello stesso anno nuove campane prodotte dalla Fonderia Bianchi di Varese saranno issate sul campanile, risalente al XVII secolo.