La Deputazione provinciale inizia a gestire l'istituto psichiatrico, che la riforma Farini del 1860 ha scorporato dall'ospedale Sant'Orsola. Qui un reparto per i "mentecatti" era presente dal 1710 e si era man mano ingrandito fino ad ospitare oltre 300 infermi.

Dal 1869 il reparto è trasferito in forma ufficiale nell'ex convento delle Salesiane di via Sant'Isaia, dove i "matti" erano già provvisoriamente ospitati a seguito dell'epidemia di colera del 1867.

Il complesso è riedificato totalmente a spese della Provincia. Ne risulta un Manicomio "degno di un popolo civile, secondo i principi e i dettami della Scienza odierna" (Aglebert).

Sarà riservato, secondo il regolamento del 1888, ai malati di mente poveri, "che riescono di pericolo a sè o agli altri, o turbano l'ordine pubblico, od offendono con iscandalo il buon costume".

Per oltre quarant'anni verrà diretto dal prof. Francesco Roncati (1832-1906), originario di Spilamberto (MO), chiamato dal popolo "al dio ed puvrett" (il dio dei poveri) e a lui sarà intitolato dopo la morte.

Il manicomio sarà circondato, per sua volontà, da un vasto prato alberato, volto a favorire la quiete e la serenità necessarie agli ammalati.

Nei primi anni del ‘900 il progresso degli istituti psichiatrici in altre città italiane mostrerà tuttavia le condizioni sostanzialmente arretrate dell’istituto bolognese. Il prof. Burgia, successore di Roncati, ne darà un giudizio impietoso:

“Questo Istituto è restio ad ogni possibilità volta a risolvere ogni problema di assistenza e di innovazione nella sua anacronistica sistemazione”.

I tentativi di costruire un nuovo manicomio troveranno sempre ostacoli economici insormontabili.

A seguito di notevoli problemi di sovraffollamento, la Provincia finirà per coordinare il manicomio bolognese con quello di Imola, facendo del primo una struttura di accettazione e del secondo un istituto di ricovero permanente.