Dopo alcuni anni sotto l'amministrazione della Congregazione di Carità, il Collegio Poeti viene nuovamente affidato ai “compatroni” indicati dal fondatore della benefica istituzione: i professori più anziani delle facoltà di Legge e di Lettere dell'Università.

Nel 1549 il capitano Teodoro (o Teodorico) Poeti, soldato e letterato morto all'assedio di Mirandola, dispose che tutte le sue sostanze servissero alla costituzione di un istituto per scolari meritevoli dell'Ateneo bolognese, “di onesta famiglia e nati da legittimo matrimonio”.

Essi dovevano aver svolto studi di grammatica e retorica. Erano ospitati per cinque anni, entro i quali erano tenuti a conseguire la laurea.

Nel 1552 i primi giovani furono accolti nel palazzo di Borgo Salamo (poi via Farini) all'uopo acquistato. Il collegio fu in seguito trasferito in via dé Chiari e infine, nel 1774, in via Barberia.

I “compatroni” vigilavano sull'andamento dell'istituto, che era condotto dallo studente più anziano.

Nel 1875, ai sensi del nuovo statuto, il Collegio Poeti cesserà di funzionare come struttura d'accoglienza e il patrimonio della Fondazione servirà per l'erogazione di assegni a favore di studenti dell'Alma Mater.