Con la legge 30 settembre 1859 il Governo Provvisorio delle Romagne riordina l'Università di Bologna. Sono stabilite cinque facoltà: teologia, filosofia e filologia, giurisprudenza, matematica, medicina e chirurgia.

La nomina dei professori è delegata al Governatore su proposta del Ministro dell'Istruzione. Vengono create alcune cattedre, quali diplomazia e paleografia, storia e filosofia del diritto, diritto commerciale, architettura teorico-classica.

Gli stipendi dei professori variano tra le 1.000 e le 4.000 lire annue. Gli studenti che ottengono l'ammissione pagano una retta di 100 lire.

Il delegato dott. Palagi convoca i professori in rettorato per il 7 ottobre. I sei docenti di teologia non si presentano e la facoltà viene soppressa.

Nel 1859 si succederanno tre rettori: oltre a Palagi il prof. Antonio Alessandrini, reggente dal 18 al 20 luglio, e il conte Carlo Pepoli dal 20 settembre al 19 ottobre.