Il 18 maggio una notificazione del Governatore civile e militare generale Gorzkowski ordina la consegna delle armi di ogni tipo entro 48 ore, vieta gli assembramenti e le riunioni, prescrive la chiusura delle porte urbane prima di sera e quella dei locali pubblici entro mezzanotte.

La stampa è soggetta a censura militare. Vengono vietate le uniformi e i distintivi, tranne la coccarda pontificia, sono sciolti i corpi franchi e i circoli politici ed è messa fuori servizio la Guardia Nazionale.

Il 21 maggio si insedia il Commissario Straordinario Mons. Gaetano Bedini, incaricato di restaurare il potere papale nelle Quattro Legazioni.

Bologna diviene sede di un Governo civile e militare austriaco, che amministra la giustizia e controlla tutti gli aspetti della vita cittadina. I patrioti parleranno di governo “austro-papale”.

Lo stato d'assedio sarà mantenuto fino al 1857. Durante l' "oscuro" decennio di occupazione militare gli Austriaci saranno osteggiati dalla popolazione bolognese.

A loro volta si macchieranno di molte atrocità, non solo nei confronti dei combattenti, ma anche dei civili: saranno 186 i condannati a morte fucilati a Bologna e oltre 90 nel resto delle Legazioni.