Il Senatore Francesco Guidotti Magnani propone al consiglio comunale di offrire alcuni locali al piano terra dell'Archiginnasio alla Società Medica Chirurgica. L'8 maggio 1841 essa prende possesso di quella che sarà la sua sede definitiva.

Nei nuovi locali trova alloggio il Gabinetto Anatomo Patologico, costituito nel 1826, mentre il Gabinetto di Lettura sarà trasferito in Borgo Salamo e poi in Piazza Calderini.

L'attività della Società bolognese culminerà con la partecipazione, nel 1846, al suo primo congresso internazionale, il Congresso di Genova. Sarà l'occasione per avviare promettenti rapporti con ambienti scientifici non solo italiani.