Tra le disposizioni della Bolla papale Quod Divina Sapienza (28 agosto 1824) c'è il ripristino dei Collegi soppressi in epoca napoleonica. Sono il Collegio di Sacra Teologia, di Medicina, di Filosofia, il Collegio Legale e quello Filologico.

Hanno il compito di "far gl'Esami dé Professori", conferire le Lauree e i Gradi, premiare gli studenti a fine anno. Con l'Arcicancelliere e con il Rettore costituiscono il Magistrato Supremo dell'Università. I Collegiati sono tutti di nomina papale.

Il Collegio Medico-Chirurgico, considerato "uno dei corpi scientifici più accreditati d'Europa", prevede un organico di 18 membri, 12 medici e sei chirurghi. I nuovi Statuti, compilati il 15 aprile 1825, saranno approvati dalla Sacra Congregazione degli Studi nell'aprile 1936.

Sia il Collegio Filosofico che quello di Sacra Teologia hanno 12 membri. Quello più anziano porta il titolo di Decano, l'ultimo nominato svolge le funzioni di Segretario. Gli statuti di entrambi i Collegi saranno compilati nell'aprile del 1827 e approvati nel 1836.

Il Collegio Legale, anch'esso composto di 12 membri, sostituisce quelli di Gius Canonico, o Pontificio, e di Gius Civile, o Cesareo, un tempo presieduti dall'Arcidiacono della Metropolitana. Gli statuti saranno compilati il 19 marzo 1827 ed approvati dalla Sacra Congregazione degli Studi il 4 gennaio 1836.

Per volere del Papa, il 31 luglio 1825 sarà istituito anche un quinto Collegio, quello Filologico, da tempo richiesto dai professori di materie umanistiche. Sarà abilitato a esaminare studenti, a conferire il magistero in lingue, archeologia e eloquenza, a valutare i concorrenti alle cattedre universitarie di materie umanistiche.

I suoi statuti verranno compilati il 20 dicembre 1826 e approvati il 15 marzo 1836. Avrà tra i suoi componenti "egregi letterati, e parecchi d'italico nome".