Nell'estate del 1810 viene aperto il Museo antiquario dell'Università, erede della “stanza delle antichità” dell'Istituto delle Scienze. Ne è curatore Filippo Schiassi (1763-1844), professore di Archeologia e Numismatica all'Alma Mater.

Il Gabinetto di Archeologia e Numismatica ebbe origine nel 1712 da una donazione di "rare suppellettili" al Senato bolognese da parte di Luigi Ferdinando Marsili.

Ad esso nel 1743 fu aggregato il Museo Cospiano. La collezione è in seguito talmente aumentata - per successive acquisizioni e doni - da rendere necessaria una riorganizzazione dei materiali esposti e l'apertura di nuove sale, che nel 1810 passano da due a sette.

Nel 1814 lo Schiassi curerà una Guida del forestiere al Museo delle antichità della Regia Università di Bologna, diretta soprattutto ai turisti poco informati sulla realtà archeologica locale.

Nel primo decennio di vita, l'istituto acquisirà materiale epigrafico proveniente dai conventi soppressi, mentre fallirà per mancanza di fondi il tentativo di acquistare 33 sculture della collezione Zambeccari.

Tra il 1815 e il 1836 il Gabinetto riceverà molte donazioni: buona parte degli oggetti proverranno da Bologna e dal suo territorio.

Nel 1836 Schiassi sarà sostituito da Girolamo Bianconi (1772-1847), suo assistente, esperto e collezionista di monete, già direttore del Museo archeologico dell'Università e per dieci anni aggiunto alla Biblioteca Universitaria.

Nel 1820 Bianconi pubblicherà una Guida del forestiere per la città di Bologna e i suoi sobborghi, che sarà più volte ristampata.

Più che luogo di pubblica fruizione, il Museo antiquario sarà vissuto soprattutto come luogo di conservazione e luogo di studio per gli eruditi e i giovani dell'Università.

Le sue collezioni costituiranno comunque il nucleo principale del Museo Civico bolognese, che sarà eretto nella seconda metà dell'800.