Il 4 aprile 1807 il convento di San Michele in Bosco passa sotto l'autorità del Prefetto e viene destinato a casa di lavoro, sia forzato che volontario. Il “delizioso luogo” rimarrà per diciassette anni “ricovero di gente perduta” (Monari).

Gli affreschi dei Carracci nel chiostro ottagonale non vengono staccati in tempo. Si interverrà solo nel 1810, dopo incertezze e lungaggini burocratiche, quando la maggior parte di essi non sarà più trasportabile.

Gli arredi in legno del coro della chiesa vengono venduti all'asta.