La mancanza di cibo, che costringe buona parte del popolo a una cronica malnutrizione, e il permanere di prezzi troppo alti nonostante la fine della carestia dei mesi precedenti, suscita disordini in città.

Gruppi di popolani armati percorrono le strade, calzando il berretto frigio della rivoluzione e impugnando bastoni e coltelli.

Ispirati da membri di associazioni segrete, quali la Società degli Stilettanti - “gente animata da patriottismo feroce” - e gli Amici del Popolo, assalgono e saccheggiano le case dei presunti accaparratori. Ad essi si uniscono una parte degli impiegati licenziati delle amministrazioni precedenti.

Nella notte tra il 28 e il 29 giugno viene assalito e colpito a morte il responsabile dei licenziamenti, il segretario centrale De Sanctis.

Da questo momento i funzionari pubblici cominciano a temere della loro sorte. Sui muri della città appaiono manifesti che minacciano la fine di De Sanctis per "gli egoisti e i monopolisti".

A capo dei rivoltosi si pongono esponenti della piccola e media borghesia di idee giacobine, affiliati alla Sociatà dei Raggi, fuoriusciti politici portatori di programmi rivoluzionari e indipendentisti.

Tra essi si distinguono il sottotenente Filippo De Angelis, reduce di Marengo, il rappresentante della Guardia Nazionale Filippo Del Fiume, l'apostolo giacobino Giuseppe Giovannetti, l'ex console della Repubblica romana Calisti.

Costoro esprimono il disgusto della borghesia, che dopo anni di sacrifici vede la nuova Repubblica Italiana affidare il governo locale alla vecchia aristocrazia.

Nessuna forza è in grado di opporsi in città ai tumulti popolari: la stessa Guardia Nazionale è in molti casi solidale con i rivoltosi. In giugno e luglio si segnalano numerosi agguati, accoltellamenti, colpi d'arma da fuoco: Bologna sembra un campo di battaglia.

Le violenze culminano il 19 luglio in "una vera e propria giornata di sangue" (Varni), in cui sono colpiti soprattutto possidenti rurali. Il giorno seguente vi sono numerosi arresti, ma anche un provvedimento che modera il prezzo del pane.

Dietro le pressioni dei disordini e le imposizioni dei capi della rivolta, il 21 luglio il Prefetto Carlotti nomina una nuova Amministrazione municipale, dalla quale viene allontanata la ricca nobiltà.

Nello stesso giorno le funzioni di polizia a Bologna vengono delegate al generale francese Verdier, che pochi giorni dopo metterà la città in stato d'assedio.