Gli annunci di una guerra imminente con l'Austria suscitano fenomeni di ribellione nelle campagne tra Bologna e Ferrara. Una banda di “insorgenti” si spinge fin sotto le mura del capoluogo.

Il 16 settembre giunge a Bologna dalla Lombardia una divisione di Cisalpini comandata dal generale Domenico Pino. Questi invita i cittadini ad armarsi per difendere la città.

L'Amministrazione Centrale ordina la formazione di una colonna mobile di Guardia Nazionale, composta da una compagnia di artiglieri, una di cavalleria e da un battaglione di fanteria leggera.

Duemila volontari sono posti sotto il comando del generale francese Vignolle e inviati a sedare la reazione scoppiata a Ferrara.

Gli insorti sono soprattutto di contadini armati dagli Austriaci, che combattono a difesa della religione cattolica contro i giacobini e i repubblicani.

Spesso hanno l'appoggio del clero locale, tanto che il 20 settembre il vicario capitolare deve esortare i parroci della bassa a non fomentare rivolte.

Il 22 settembre nei dintorni di Lugo, i gendarmi bolognesi hanno uno scontro vittorioso contro i ribelli, molti dei quali vengono uccisi o ricacciati oltre Faenza. Il fenomeno dell'insorgenza si è manifestato nel bolognese e in Romagna fin dal 1796.

Nei primi mesi del 1799 bande di insorgenti formatesi nel Polesine si sono aggregate agli Austriaci in marcia verso Ferrara. Ovunque questi briganti hanno commesso atrocità.

Il loro ingresso a Bologna in giugno, alla testa dei regolari austriaci, ha fatto temere il peggio alla popolazione terrorizzata.