Per far fronte alle contribuzioni imposte dai Francesi, la Repubblica Cisalpina, in forza della legge 19 fiorile anno VII (8 maggio 1798), sopprime tutte le confraternite e le compagnie religiose "sì regolari, che secolari". I loro beni diventano di competenza del Demanio.

A Bologna le soppressioni vengono attuate per la maggior parte nei mesi di luglio e agosto.

Il 21 luglio è soppressa la Compagnia dello Spirito Santo, che si riunisce in S. Maria dei Celestini.

Il 25 luglio scompaiono le Compagnie di S. Rocco, di S. Maria della Grada, dei SS. Gioacchino e Anna, di S. Maria della Consolazione - detta dei Centurati - e della Madonna delle Febbri o di S. Giorgio. Assieme ad esse è soppressa la Congregazione dell'Angelo Custode, che si riuniva nella Chiesa di S. Colombano. Nell'oratorio dei Centurati saranno ricoverati gli organi delle altre corporazioni.

Il 26 luglio sono chiuse la chiesa, la compagnia e l'ospedale di Santa Maria delle Laudi. Scompaiono anche la Compagnia di S. Bernardino da Siena in S. Francesco, la Congregazione di S. Gabriele, la Compagnia degli anni della B.V., quella di S. Maria del Ponte delle Lame e quella dei SS. Pietro e Marcellino.

I due oratori della Compagnia di S. Domenico saranno venduti a privati nel 1801 e rivenduti nel 1809 assieme a una porzione del convento dei Predicatori.

Il 27 sono soppresse le Compagnie degli Innocenti, di S. Sigismondo e del Cestello, della Resurrezione di N.S. Gesù Cristo, la Confraternita del Baraccano e quella di S. Maria delle Vergini, che gestiva un ospedale per convalescenti nei pressi di Porta Lame. I suoi beni andranno all'Ospedale della Vita.

Il giorno seguente sono sciolte la Compagnia della Natività di Maria Vergine, titolare di una cappella sulle mura, e quella dei Servi, con l'annesso ospedale intitolato a S. Biagio. Inoltre la Confraternita di S. Maria delle Rondini posta in Frassinago e la Compagnia e la chiesa di S. Pellegrino, situata a Porta S. Isaia.

Il 30 luglio sono abolite la Congregazione della B.V. delle Asse, quella detta del Pellegrino Greco e quella di S.Maria del Gaudio, la Compagnia di Messer Gesù Cristo e la Congregazione del sussidio sacerdotale. La chiesa di S.M. della Presentazione, di pertinenza di quest'ultima, sarà chiusa il 16 agosto 1808 senza essere destinata ad altro uso.

Sempre il 30 luglio è soppressa la Congregazione dei Sabbadini, che si riuniva nella cappella si S. Maria dell'Ispirazione vicino a Porta Saragozza. Il nome deriva dall'usanza dei confratelli di salire al Santuario di S. Luca ogni sabato mattina all'alba, recitando il rosario.

Il 31 luglio la Congregazione di suffraganti di S. Maria degli Uccelletti, posta nel Mercato di Mezzo, sospende le sue funzioni, così come quella dello Spirito Santo e quella di S. Maria delle sette Allegrezze, che stava nella chiesa delle Moline (detta anche degli Annegati).

Il 1° agosto è soppressa Compagnia dell'Aurora, così chiamata per le celebrazioni mattutine. La sua chiesa sarà venduta a privati nel 1799. E' soppressa anche la Compagnia di San Giovanni Decollato, che officiava la chiesa di S. Maria Rotonda detta dei Galluzzi.

Lo stesso giorno è abolita la Compagnia di S. Giobbe. L'ospedale omonimo sarà unito a quello di Sant'Orsola.

Il 10 agosto è soppressa la Società dei Devoti. Nel 1808 l'oratorio verrà chiuso e la porta sulla strada sarà murata.

Il 16 agosto 1798 terminano la loro attività la Compagnia del Buon Gesù o di S.M. di Mezzaratta e quella di S. Maria della Pietà, detta anche del Piombo, i cui locali saranno venduti nel 1801 ai proprietari del negozio della Coroncina nel Mercato di Mezzo.