Sono soppresse quasi tutte le corporazioni religiose maschili. Tra essi i Francescani della Carità, i Serviti, i Carmelitani di San Martino, i Ministri degli Infermi di San Gregorio, i Filippini della Madonna di Galliera. La Commissione dei Beni Nazionali incamera i loro averi.

La soppressione definitiva avviene dopo che molti ordini erano già stati concentrati in un solo convento: ad esempio i Serviti di San Giorgio in Poggiale e di San Giuseppe in Val di Pietra erano stati uniti in precedenza a quelli di Santa Maria dei Servi.

Il grande convento di Strada Maggiore dopo l'11 dicembre 1798 diventerà dapprima una caserma e in seguito il quartier generale della Guardia Nazionale.

Per il momento sono risparmiati i Barnabiti di Santa Lucia, che si occupano di istruzione. Dal 1811 essi saranno costretti a vestire l'abito dei preti secolari.

Durante l'anno sono scomparse altre importanti congregazioni, quali i Benedettini neri di San Procolo, i Celestini di San Giovanni Battista e di Santo Stefano, i Lateranesi di San Giovanni in Monte. L'8 giugno sono scomparsi i padri di San Salvatore.

Dopo la soppressione del monastero, il santuario di Santo Stefano è affidato per breve tempo ai Minori Osservanti. In seguito sarà guidato da un sacerdote secolare. La parrocchia sarà soppressa nel 1806 e unita a quella di San Giovanni in Monte.

Il complesso abbaziale di San Procolo, in gran parte già utilizzato come caserma, nel 1798 verrà adibito ad Ospedale degli Esposti, con il trasferimento della vecchia sede dei Bastardini situata di fronte.