Con la Legge 22 fiorile anno VI (11 maggio 1798) il Direttorio della Cisalpina dispone che la gestione della sanità sia affidata a una Commissione eletta in ogni capoluogo dipartimentale.

Essa sostituisce le tre strutture preposte nell'Ancien Régime: il Collegio Medico con il Protomedicato, l'Assunteria di Sanità e il Legato.

Riattivata dopo la parentesi della Reggenza austriaca, la Commissione di Sanità sarà composta di cinque membri: a tre di essi saranno assegnati compiti di prevenzione delle epidemie e di controllo dell'igiene ambientale, gli altri due eserciteranno la vigilanza sulle professioni sanitarie e sulla vendita dei medicinali.

Il Decreto imperiale del 5 settembre 1806 unificherà la legislazione sanitaria dei vari territori posti sotto l'influenza francese.

Bologna sarà sede di una delle tre Direzioni di Polizia sanitaria (assieme a Pavia e Padova), formate dai professori delle Facoltà mediche e adibite al controllo delle abilitazioni professionali e alla repressione di eventuali abusi.

Le competenze delle Commissioni sanitarie passeranno nel 1809 al Prefetto, nell'ottica della politica accentratrice e autoritaria del Regno italico.