Cominciano nel Palazzo pubblico “grandiosi e continui lavori” per distruggere “le infelici reliquie e vestigi dell'antico regime” e per approntare le sale e gli appartamenti dei “padri della Patria”, cioè dei membri del Direttorio Esecutivo della Repubblica Cispadana.

Al piano terreno vengono riordinate le scuderie del Legato e rase al suolo le rimesse ormai “ruinate”, per rendere regolari i prospetti nel cortile degli Svizzeri.

I lavori di più ampio respiro sono impostati negli appartamenti del Legato al secondo piano, dove operano con urgenza gli architetti Giovanni Battista Martinetti e Giovanni Bassani.

Viene ridefinita la Galleria Vidoniana, ampio disimpegno tra gli appartamenti domestici. Lungo le pareti sono ricavate nicchie che ospitano statue in stucco.

Quelle della Vittoria, di Minerva e di Giunone sono opera di Giacomo Rossi (1748-1817), quelle della Vigilanza e del Genio di Giacomo De Maria (1787-1838), al quale si devono anche altre decorazioni della sala.

Nelle stanze residenziali viene sviluppato un ricco e omogeneo programma decorativo, con un vasto repertorio di simboli repubblicani - fasci consolari, are, tripodi, raffigurazioni della Vittoria - che saranno in parte manomessi all'epoca della Restaurazione.

Vi partecipano numerosi artisti, tra i quali Mauro Gandolfi (1764-1834), autore di un affresco con la Glorificazione della Repubblica Cispadana, Antonio Basoli (1774-1843), che dipingerà una “tenda cispadana” - dove per la prima volta si ha “una rappresentazione ufficiale del tricolore italiano“ - Pietro Ognibene, Serafino Barozzi (1735-1810).

Il giovane Pelagio Palagi (1775-1860), decoratore nella Camera della Vittoria, è al suo primo incarico pubblico. Suo è anche il progetto per una statua della Libertà da erigersi in piazza Maggiore, poi non eseguita.

“Ove si chiude l’ala verso ponente il paesista Vincenzo Martinelli crea una bella boschereccia, in forma di pergola o ‘berceau’, con finte fontane e altrettanto finte viste sulla non lontana pianura”. (E. Riccomini)

Con l'unione di Bologna alla Cisalpina, tutti i programmi urbanistici e architettonici destinati a qualificare la città come capitale verranno inesorabilmente sospesi e abbandonati.

Anche le opere nel Palazzo pubblico - futuro Palazzo Nazionale - subiranno la stessa sorte, benché ormai completate.

Un sopralluogo dell'arch. Giacomo Dotti durante la Reggenza Austriaca descriverà gli appartamenti al piano nobile destinati al Direttorio “rifatti di nuovo e accomodati e dipinti in ottimo gusto”, ma anche “affatto disabitati”.

Con poca spesa sarebbe stato possibile renderli “in istato abitabile o perfetto”, ma niente sarà fatto anche dopo il ritorno dei Francesi.