Cominciano nel Palazzo pubblico “grandiosi e continui lavori” per distruggere “le infelici reliquie e vestigi dell'antico regime” e per approntare le sale e gli appartamenti dei “padri della Patria”, cioè dei membri del Direttorio Esecutivo della Repubblica Cispadana.

Al piano terreno vengono riordinate le scuderie del Legato e rase al suolo le rimesse ormai “ruinate”, per rendere regolari i prospetti nel cortile degli Svizzeri.

I lavori di più ampio respiro sono impostati negli appartamenti del Legato al secondo piano, dove operano con urgenza gli architetti Giovanni Battista Martinetti e Giovanni Bassani.

Viene ridefinita la Galleria Vidoniana, ampio disimpegno tra gli appartamenti domestici. Lungo le pareti sono ricavate nicchie che ospitano statue in stucco.

Quelle della Vittoria, di Minerva e di Giunone sono opera di Giacomo Rossi (1748-1817), quelle della Vigilanza e del Genio di Giacomo De Maria (1787-1838), al quale si devono anche altre decorazioni della sala.

Nelle stanze residenziali viene sviluppato un ricco e omogeneo programma decorativo, con un vasto repertorio di simboli repubblicani - fasci consolari, are, tripodi, raffigurazioni della Vittoria - in parte manomessi all'epoca della Restaurazione.

Vi partecipano numerosi artisti, tra i quali Mauro Gandolfi (1764-1834), autore di un affresco con la Glorificazione della Repubblica Cispadana, Antonio Basoli (1774-1843), che dipingerà una “tenda cispadana” - dove per la prima volta si ha “una rappresentazione ufficiale del tricolore italiano“ - Pietro Ognibene, Serafino Barozzi (1735-1810).

Il giovane Pelagio Palagi (1775-1860), decoratore nella Camera della Vittoria, è al suo primo incarico pubblico. Suo è anche il progetto per una statua della Libertà da erigersi in piazza Maggiore, poi non eseguita.

Con l'unione di Bologna alla Cisalpina, tutti i programmi urbanistici e architettonici destinati a qualificare la città come capitale verranno inesorabilmente sospesi e abbandonati.

Anche le opere nel Palazzo pubblico - futuro Palazzo Nazionale - subiranno la stessa sorte, benché ormai completate.

Un sopralluogo dell'arch. Giacomo Dotti durante la Reggenza Austriaca descriverà gli appartamenti al piano nobile destinati al Direttorio “rifatti di nuovo e accomodati e dipinti in ottimo gusto”, ma anche “affatto disabitati”.

Con poca spesa sarebbe stato possibile renderli “in istato abitabile o perfetto”, ma niente sarà fatto anche dopo il ritorno dei Francesi.