Il complesso monastico che fu dei Terziari Francescani è impiegato dal 23 settembre 1796 come ospedale militare. I religiosi sono trasferiti in San Giovanni Battista dei Celestini e poi in San Benedetto di Galliera, fino alla soppressione definitiva l'11 dicembre 1798.

Anche la grande chiesa di fianco al canale di Reno, risalente al XVII secolo, è occupata da file di letti per i soldati ammalati, compresa la sacrestia e gli altri spazi annessi.

Nel gennaio 1797 l'Accademia Clementina presenterà una memoria all'Assunteria dell'Istituto delle Scienze perché sia impedita la dispersione dei quadri contenuti nella chiesa, chiedendo di esporre le tele che “più servir non dovessero” in un altro luogo “a pubblica utilità”.

La parrocchia di Santa Maria della Carità sarà affidata al clero regolare e dal 30 dicembre 1797 la sede verrà trasportata nella piccola chiesa della Confraternita della Misericordia, situata poco distante.

Dal 30 agosto 1799 l'ospedale militare sarà trasferito in quello della Vita e il convento sarà trasformato in caserma e carcere.

E' qui che nel 1849 gli Austriaci rinchiuderanno padre Ugo Bassi, prima di portarlo al comando di Villa Spada e poi al Meloncello, dove sarà fucilato.

Dopo la chiusura dell'ospedale, la chiesa della Carità sarà di nuovo destinata al culto. I parrocchiani si daranno da fare "a ripulire e a rimettere la chiesa al suo primiero uso".

Nel 1806 la giurisdizione parrocchiale verrà ingrandita con i territori di alcune parrocchie soppresse.

Durante la seconda guerra mondiale l'edificio religioso subirà danni gravissimi e sarà in parte ricostruito nel 1949. Ospiterà da allora alcuni preziosi dipinti provenienti dalla vicina chiesa di San Nicolò, anch'essa sfigurata dalle bombe.

Secondo la tradizione, nei pressi del ponte della Carità - dove la via Emilia entra nel cuore della città - le acque del canale di Reno sono più pulite e quindi utilizzate per il lavoro delle lavandaie e i bagni pubblici.